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Non avendo ancora uno stemma approvato ai sensi di legge, l’amministrazione di Isola di Fondra decise di approntarne uno ex novo in quanto non sono stati trovati emblemi antichi negli archivi storici. Agli inizi degli anni Ottanta, fu dato incarico allo Studio Araldico di Genova che propose uno stemma originale, gradevole.
Isola di Fondra è l’unico Comune a inserire nel proprio emblema l’aquila bicipite, a due teste.
Dalla documentazione depositata presso l’Ufficio Araldico della Presidenza del Consiglio dei Ministri si evincono le motivazioni: — nello stemma figura un’aquila bicipite nera, corpo diritto, ali aperte e tese, testa di profilo, zampe allargate, coda discendente verticalmente e ornata di piume ondeggianti che era il simbolo del Sacro Romano Impero.
Si vogliono dunque rievocare le origini antiche di questo paese, di cui si ha menzione nei primi insediamenti romani che si stabilirono qui per sfruttare le miniere. Lo storico Giovanni Maironi da Ponte nella sua opera Dizionario Odeporico della Provincia Bergamasca, definì d’origine romana il borgo. Lo scudo è un partito, diviso in due dagli smalti rosso e oro, che rievocano quelli di Bergamo.
La figura principale, che copre interamente lo scudo, è l’aquila bicipite di nero o bicefala, con due teste, attraversante, posizionata sulla linea di divisione. Le due teste dell’aquila possono far riferimento idealmente anche ai nuclei di cui è composto il Comune, istituito nel 1927 unendo Fondra a Trabuchello.