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Su alcuni bassorilievi di Porta Romana a Milano si trova la più antica delineazione dello stemma, risalente al 1171; inserito nel sole raggiante e innalzato dal soldato sant’Alessandro, a ricordo delle truppe bergamasche accorse in aiuto a Milano, compare nello Statuto delle Armi di Santa Maria di Bergamo del 1299. Nel sole raggiante, simbolo di autonomia politica e di devozione a Cristo, lo scudo era palato d’oro e di rosso, così scolpito sulla pietra della fontana viscontea del 1342 nell’antico ateneo e nell’insegna offerta dai Bergamaschi nel 1428 alla Serenissima. Dalla metà del XV secolo assunse l’attuale forma, come raffigurato sulla serraglia del portone gotico del palazzo costruito sul terreno della mensa vescovile, e sul frontespizio degli Statuti della città di Bergamo del 1453.
Il 16 ottobre 1817, quando Bergamo fu innalzata a regia città, l’imperatore Francesco I d’Austria firmò il decreto di riconoscimento dello stemma con la corona a cinque fioroni.
Con delibera del 28 agosto 1938 il podestà, Camillo Pesenti, approvò l’emblema civico, come delineato nel Codice Araldico conservato nell’Archivio di Stato di Milano. Il 16 settembre 1959, con delibera della giunta municipale guidata dal sindaco Costantino Simoncini, fu aggiunta la dicitura BERGAMO CITTA’ DEI MILLE. L’Archivio di Stato di Venezia approvò la scritta, che però, essendo di nuova formazione, non doveva essere inserita su una lista. Bergamo, unico caso in Italia, possiede uno stemma differente dalle regole araldiche.